세제 혜택만 받고 나몰라라?…식품원료 ‘할당관세 집중관리 품목’ 지정

세제 혜택만 받고 나몰라라?…식품원료 ‘할당관세 집중관리 품목’ 지정

•  이재현 기자
•  승인 2026.02.27 16:00

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보세구역 반출 및 수입신고 고의 지연시 할당관세 배정 취소
판매가격 등 수입 결과 보고 의무화…효과 없으면 품목서 제외
​​​​​​​구윤철 경제부총리, 민생물가 특별관리 관계장관 TF 회의

 

정부가 할당관세 재정비에 나선다. 물가 안정 목적을 위해 지원했으나 정작 수입업체들이 축산물, 수산물, 식재료, 과일채소 등 저장성 있는 다양한 품목에서 수입신고 및 보세구역 반출을 고의 지연하는 부정한 방법으로 세율인하에 따른 부당이익을 편취하는 걸 근절하겠다는 방침이다.

 

구윤철 부총리 겸 재정경제부장관은 26일 정부서울청사에서 민생물가 특별관리 관계장관 TF 2차 회의를 열고 각 부처와 ‘할당관세 점검 및 제도개선방안’에 논의했다.

 

할당관세는 산업경쟁력 강화 및 물가와 물자 수급 안정 도모를 위해 특정 품목에 대해 기본관세율 대비 40%p까지 관세율 한시적으로 인하하는 제도다.

 

환율·유가상승, 물가 불안 등으로 인해 꾸준히 증가해 2022년 이후 100개 내외 품목에 매년 1조 원 이상을 지원하고 있다. 이중 먹거리 물가 안정 위한 농축수산물 지원은 2021년 이후 가공식품 위주로 적극 운용되며 4000억 원 내외 전체 30~40%를 차지한다.

하지만 할당관세의 효과가 떨어진다는 지적도 끊이지 않고 있다. 수입업체가 농축수산물에 대한 할당관세를 지원 받고도 보세구역 반출을 지연하거나 수입신고를 지연하는 위반 사례가 지속적으로 적발되고 있기 때문.

 

관세청에 따르면 보세구역 반출 지연, 수입신고 지연, 허위 반출 등 다양한 품목에서 다수의 위반사례가 적발되고 있다. 2022~2023년 할당관세로 지원한 소고기 등 축산물에 있어 보세구역 반출을 지연한 23개 수입업체를 적발해 총 185억 원 관세를 추징했고, 물가안정 목적의 할당 품목 중 수입신고 지연 23개 품목에 대해 총 가산세 3억8000만 원을 부과했다.

 

또 보세구역 반출 의무를 위반한 설탕 수입업체를 적발하고, 냉동돼지고기에 대한 할당 추천 조건을 위반한 1개 업체를 검찰에 송치했다.

 

국세청 역시 할당관세에 따른 관세혜택은 누리면서 부당이득을 챙긴 ‘할당관세 편법이용 수입기업’ 4곳에 대한 세무조사를 추진 중이다.

할당관세 집중관리 대상 품목에 적용되는 제도

 

이에 정부는 할당관세 세율 인하 혜택의 편취를 막고 정책효과를 달성할 수 있도록 통관과 국내 유통단계에서 고의지연 가능성 있는 취약품목에 집중해 실효성 있는 제도개선 방안을 마련한다는 방침이다.

 

특히 농식품부 등과 협의해 통관 및 유통단계에서 부정 발생 가능성이 높은 냉동육류, 식품원료를 비롯한 저장성있는 품목을 ‘할당관세 집중관리 품목’으로 지정해 단계별로 관리를 강화한다.

 

축산물의 사례와 같이 추천대행기관이 추천서 교부일로부터 보세구역 반출까지의 의무기한(40일)은 할당관세 집중관리 품목으로 확대하고, 수입신고지연가산세 부과 기준을 기존 보세구역 반입일로부터 30일에서 20일로 강화로 강화한다.

 

또 주무부처 등 관계부처의 요청에 따라 세관장이 화주 등에게 보세구역 반출명령을 할 수 있고, 세관장의 보세구역 반출명령 불이행시 과태료를 부과할 방침이다.

 

특히 수입업자가 상기 반출의무 또는 신속 유통 의무를 위반한 경우 할당관세 추천을 취소하고, 이 경우 관세 추징 및 추후 할당관세 물량 배정에서 제한된다.

 

단속·제제도 강화한다. 관세청은 보세구역 반출 지연 반복 업체, 할당 적용 기간 동안 수입 가격을 의도적으로 부풀려 신고하는 업체 등에 대한 집중 관세조사를 실시해 적발 시 관세를 추징하고, 할당관세를 악용한 기업에 대해서는 혐의가 확인될 경우 관세포탈죄를 적용해 처벌한다.

 

실질적 효과가 살핀다. 할당관세 적용 농산물에 대해서는 판매가격 등 수입 이행 결과 보고를 의무화하고, 이를 바탕으로 실제 판매가격 인하 효과 분석은 물론 효과가 없는 경우에는 차후 할당관세 품목 결정 시 적용을 배제한다는 계획이다.

 

정부는 할당관세를 이용한 부정행위를 방지하기 위한 신속한 제도 보완이 가능하도록 최대한 조속히 관세법령 및 할당 추천 관련 규정의 정비를 올해 중으로 마무리할 계획이다.